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镜像
运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(windows、linux、mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过eihealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。
docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个docker镜像可以包含一个完整的ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。eihealth平台使用容器镜像服务(software repository for container,简称swr)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。
应用
eihealth平台的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装,应用可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。
您可以在项目的应用列表中,查看隶属于该项目的应用,也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列表展示了应用的名称、版本、创建者、修改时间、创建时间和可执行的操作。
详细的应用创建和使用请参见。
- 创建应用
应用是生物信息学软件的镜像封装,您可以制作软件镜像并上传至平台,并通过“”引入相关软件。
- 导入应用
应用按项目进行划分,隶属于不同项目的应用,可以通过“”的方法,导入至自己的项目中使用。
流程
eihealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。
分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。
分析流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于项目中。同时,您也可以通过“导入流程”的方法,将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。
创建好的流程显示在流程列表中,您可以基于这些流程创建分析作业。
详细的流程创建和运行请参见。
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