更新时间:2022-11-08 gmt 08:00

镜像管理简介-凯发k8国际娱乐官网入口

运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(windows、linux、mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过eihealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。

docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个docker镜像可以包含一个完整的ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。

eihealth平台使用容器镜像服务(software repository for container,简称swr)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称,进入所选项目,在“镜像”页签中,以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。

图1 镜像管理

镜像用途

  • 用于创建分析应用

    应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将cell ranger软件封装为镜像,并上传至eihealth平台。通过应用把镜像引入,利用应用搭建分析流程,执行分析作业。

  • 用于创建notebook

    notebook是一个交互式应用程序,用于代码的编写、调试、运行。创建notebook时,您可以选择系统镜像。当系统镜像无法满足您的开发需求时,您可以基于eihealth提供的基础镜像包制作自定义镜像,并上传至平台。您可以在eihealth平台“开发环境”中使用此自定义镜像创建notebook。

    创建notebook时,如果使用自定义镜像。该自定义镜像,需要基于eihealth平台提供的基础镜像进行制作。

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