创建fastqc应用样例-凯发k8国际娱乐官网入口

本章节提供了在eihealth平台创建fastqc应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。

fastqc是一款高通量序列数据的质量检控工具，此样例基于开源的fastqc软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用fastqc应用，或将其编排至流程，和其他应用一起使用。

创建fastqc应用时，需要您熟悉该软件的使用，并具备一定的开发经验。fastqc的详细介绍请参考。使用eihealth平台创建fastqc应用的详细步骤如下所示：

步骤1：搭建docker环境

步骤2：制作镜像

步骤3：上传镜像

步骤4：创建应用

步骤1：搭建docker环境

搭建docker环境，您可以任选以下两种方式搭建docker环境。
- 使用自己的电脑搭建docker环境。
- 使用华为云搭建docker环境。
本示例中使用华为云弹性服务器ecs，并通过ecs搭建docker环境。在创建ecs时，可以选择ecs的操作系统。例如，ecs如果为linux操作系统，可以依次执行如下命令快速安装容器引擎。
```
curl -fssl get.docker.com -o get-docker.sh
sh get-docker.sh
```
检查安装结果。
执行docker --version命令，如果显示如下类似信息，表示docker安装成功。

图1 docker安装成功

步骤2：制作镜像

方法1：直接下载官方的fastqc镜像。

执行如下命令下载fastqc镜像。

docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5

方法2：通过dockerfile制作fastqc镜像。

执行vi dockerfile命令，进入dockerfile文件中，编写文件。

from ubuntu:16.04
# fastqc依赖java运行，需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包
run apt-get update && apt-get upgrade -y \
    && apt-get install -y default-jre perl wget zip
# 下载fastqc，解压缩，设置fastqc可执行权限
run wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip \
    && unzip fastqc_v0.11.5.zip \
    && rm fastqc_v0.11.5.zip \
    && chmod  x /fastqc/fastqc
# 将fastqc添加到环境变量中
env path "/fastqc:$path"

按键盘esc键，并执行:wq保存退出dockerfile。
制作镜像。
```
docker build -t fastqc:v0.11.5 .
```
详细的dockerfile指令请参见。

步骤3：上传镜像

下载命令行工具并进行初始化配置。

使用health switch project命令进入到所需的项目中。

# 命令结构
health switch project 
# 命令示例，例如进入到名为eihealth-user-project的项目中
health switch project eihealth-user-project

使用命令行工具上传镜像到eihealth平台。
1. 使用health docker tag命令给要上传的镜像打标签。
```
health docker tag biocontainers/fastqc:v0.11.5 fastqc:v0.11.5
```
2. 使用health docker push命令上传镜像。
```
health docker push fastqc:v0.11.5
```
执行health docker images命令查看已有的镜像。

详细的命令介绍请参见章节。
登录eihealth平台，在镜像列表中查看已上传的镜像。

步骤4：创建应用

登录eihealth平台，在“项目管理”页面“工具”页签中，单击“新建应用”。
图2 新建应用
填写应用的基本信息。
“名称”填写fastqc，“版本”填写v0.11.5.2。“图标”、“标签”、“短描述”、“描述”可选填。

图3 填写基本信息
选择镜像。
单击“选择镜像”，在“自定义镜像”列表中选择fastqc镜像和镜像版本。
依据填写镜像启动命令。
镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。

fastqc软件输入参数填写为input-file、threads，输出参数为output-dir，则镜像启动命令如下所示。

使用-t命令，指定运行所需的线程数量。-o命令，指定存放输出结果的文件夹。输入文件夹已在填写参数时指定。
```
fastqc -t ${threads} -o ${output-dir} ${input-file}
```
选择“x86”cpu架构，cpu需求建议0.2起。gpu类型选择“无”。
按需填写内存大小，单位为gb。fastqc运行中所需内存大小依赖于输入数据大小，建议至少1gb。计算节点标签可将作业运行于指定的资源节点上，标签设置方法请参见。
图4 cpu、内存、gpu
填写参数。
1. 通过阅读，了解命令。
  图5 fastqc命令
2. 填写所需的输入参数。
  图6 输入参数
1. 填写所需的输出参数。
  因镜像启动命令中指定了输出参数，设置输出参数时，需勾选“必传”，并填写“默认值”。例如，输出结果默认存放在fastqc_output文件夹中。
  图7 输出参数
单击“立即创建”，完成fastqc应用的创建。
创建完成后的应用，将显示在应用列表中，您可以使用该应用创建分析作业。